Nee, dat zal volgens mij in de praktijk geen issue zijn. De temperatuur van de nog hetere uitlaatgassen vlak naast je flens zullen veel bepalender zijn voor de temperatuur van de uitlaatpoort dan het contactvlak van het slecht geleidende rvs uitlaatflens.
Andersom kan je ook beredeneren dat een verminderde warmte-afgifte in de buurt van een luchtgekoelde kevermotor iets minder warmte IN de motorruimte geeft door minder warmte afstraling. Maar ook dat is vergezocht en waarschijnlijk nauwelijks meetbaar.

De gedachte van een rvs uitlaat (performance-wise) is juist dat de mindere warmte-afgifte je uitlaatgastemperatuur in het gehele trajekt gelijkmatig hoog houdt, waardoor je een betere stroming houdt wat weer iets meer vermogen afgeeft.
Om die reden hebben pure dragracers vaak thermowrap om de buizen heen zitten om die te isoleren. Bij turbo's speelt dit apect overigens nog veel meer.
En rijden alle proff raceteams met RVS headers en dat is niet wegens de geringere roestgevoeligheid van rvs